Les origines de l’izakaya remontent à la période Edo (1603-1868). On pense que les izakaya ont vu le jour lorsque les « boutiques de saké », qui vendaient de l’alcool à l’époque, ont commencé à servir de l’alcool aux clients à l’intérieur de la boutique. À l’origine, les magasins d’alcool vendaient du « saké à boire à la maison », mais ils ont rapidement commencé à proposer de « boire sur place », ce qui a donné naissance à l' »izakaya » (lieu où l’on boit du saké dans un magasin d’alcool).
À cette époque, les izakayas ont commencé à servir de simples en-cas avec le saké, et la variété s’est progressivement accrue, faisant de ces établissements des « débits de boisson » populaires pour les gens du peuple d’Edo. Comme les citadins d’Edo vivaient dans de petites habitations, l’izakaya servait également de lieu de socialisation, où ils pouvaient facilement se retrouver avec leurs compagnons de beuverie.
En outre, au cours de la période Meiji (1868-1912), l’influence de la culture occidentale a conduit à une plus grande variété de cuisines et à l’établissement d’un style offrant une variété de plats et de boissons. Pendant la période Showa (1926-1989), l’izakaya s’est imposé comme un lieu de rencontre pour les hommes d’affaires, et la culture de l’izakaya s’est répandue dans tout le pays.
Aujourd’hui, les izakaya sont disponibles sous diverses formes, notamment en famille, en rendez-vous et en salle privée pour les petits groupes, et sont appréciées par beaucoup comme une culture culinaire typiquement japonaise.