Los orígenes del izakaya se remontan al periodo Edo (1603-1868). Se cree que las izakaya empezaron cuando las «tiendas de sake», tiendas que vendían alcohol en aquella época, empezaron a servir alcohol a los clientes dentro de la tienda. Al principio, las tiendas de licores vendían «sake para beber en casa», pero pronto empezaron a ofrecer «beber in situ», lo que se conoció como «izakaya» (lugar donde se bebe sake en una tienda de licores).
En esta época, los izakayas empezaron a servir aperitivos sencillos junto con el sake, y la variedad aumentó gradualmente, convirtiéndolos en un popular «lugar de bebida» para la gente común de Edo. Como la gente del pueblo de Edo vivía en pequeñas viviendas, el izakaya también funcionaba como lugar de socialización, donde podían reunirse fácilmente con sus compañeros de bebida.
Además, durante el periodo Meiji (1868-1912), la influencia de la cultura occidental condujo a una mayor variedad de cocinas y al establecimiento de un estilo que ofrecía comida y bebida variadas. Durante el periodo Showa (1926-1989), el izakaya se estableció como lugar de socialización de los hombres de negocios, y la cultura izakaya se extendió por todo el país.
Hoy en día, los izakaya están disponibles en diversas formas, como familiar, de cita y de sala privada para grupos pequeños, y son apreciados por muchos como una cultura gastronómica exclusivamente japonesa.
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